Από το 1454 λειτουργεί σχεδόν αδιαλείπτως, παρέχοντας υψηλού επιπέδου μόρφωση στους Έλληνες και όχι μόνο μαθητές της. Μεταξύ των αποφοίτων της περιλαμβάνονται οι γόνοι των διαπρεπών Φαναριώτικων οικογενειών, πλήθος πατριαρχών και Ορθοδόξων Ιεραρχών, υψηλόβαθμοι αξιωματούχοι της Υψηλής Πύλης (ακόμη και Τούρκοι) μέχρι και πολιτικοί του Νέου Ελληνικού κράτους. Σήμερα λειτουργεί ως σχολείο δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης.
Στα 500 χρόνια λειτουργίας του άλλαξε αρκετές φορές έδρα. Αρχικά λειτουργούσε εντός του Πατριαρχείου, που την εποχή εκείνη στεγαζόταν στο ναό των Αποστόλων και στην Παμμακάριστο. Κατά καιρούς λειτούργησε σε διάφορες οικίες στο Φανάρι ή στα χωριά του Βοσπόρου. Επί πατριαρχίας Ιωακείμ Γ' αποφασίστηκε η ανέγερση μεγαλοπρεπούς κτιρίου, κοντά στην έδρα του Πατριαρχείου, που θα φιλοξενούσε τη Σχολή. Υπό τη διεύθυνση του Έλληνα αρχιτέκτονα Κωνσταντίνου Δημάδη οι εργασίες ολοκληρώθηκαν μέσα σε μια διετία (1881-1883). Η κατασκευή του κόστισε 17.210 Οθωμανικές λίρες και το κτηριακό συγκρότημα αποτελεί σήμα κατατεθέν του Κερατίου κόλπου, σύμβολο της χρυσής περιόδου του Ελληνισμού της Πόλης. Αποκαλείται δε συχνά από τους ντόπιους Κόκκινο Κάστρο ή Κόκκινο Σχολείο λόγω του χαρακτηριστικού σχεδίου και χρώματός του.
Το 1952 και 1958 η Μεγάλη του Γένους Σχολή απέκτησε δύο ακίνητα, ένα μέσω δωρεάς και ένα μέσω αγοράς. Η απόκτηση του ακινήτου αμφισβητήθηκε από το Δημόσιο Ταμείο (Hazine) της Τουρκίας και μέσω Τουρκικού δικαστηρίου δικαιώθηκε επικαλούμενο απόφαση του Ανώτερου Ακυρωτικού Δικαστηρίου το 1974 κατά την οποία ιδρύματα της μειονότητας δεν μπορούν να αποκτούν ακίνητα. Το 1996 έγινε προσφυγή στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και η Μεγάλη του Γένους Σχολή δικαιώθηκε στις 9 Ιανουαρίου 2007. Με την απόφαση αυτή η Τουρκία υποχρεώθηκε να επιστρέψει τα ακίνητα και να καταβάλει αποζημίωση 890.000 ευρώ και 20.000 ευρώ για τα δικαστικά έξοδα.
ΠΗΓΉ
