Στον Ιερό Βράχο ανέβαιναν με τα αφιερώματά τους στη Θεοτόκο προσκυνητές από διάφορα μέρη της Ελλάδας. Μέχρι και ο αυτοκράτορας Βασίλειος Β' ο Βουλγαροκτόνος είχε προσφέρει στην Παναγία ένα χρυσό αγριοπερίστερο. Η εκκλησία δεν αντλούσε ασφαλώς την αίγλη της από τα αυτοκρατορικά δώρα, αλλά από τη μακρινή ανάμνηση του περικαλλούς αρχαίου ναού της Αθηνάς.
Πότε ακριβώς άλλαξε χρήση ο Παρθενώνας, δεν είναι γνωστό. Ξέρουμε όμως πως είχε ιερό και αγία τράπεζα, βυζαντινές τοιχογραφίες και εικόνες, άμβωνα και κωδωνοστάσιο που εξείχε μάλιστα από την ξύλινη στέγη της βασιλικής, η οποία στρογγυλοκαθόταν στον σηκό του κλασικού ναού της Παρθένου Αθηνάς.